Hikaye her ne kadar bize okulun bir dilek üzerine kurulduğunu söylese de biz biliyoruz ki; İstanbul'u alan Fatih, antik kültürün izlerini taşıyan bu şehirde kuracağı devletin payidar olabilmesi, mesela bir Bizans İmparatorluğu gibi bin yıl yaşayabilmesi için, önceki kültürleri araştırmakta ve sürekli verdiği talimatlarla çevrilen klasik eserleri okumaktaydı. İşte bunlardan biri olan Platon'un ( Eflatun MÖ 427 - 347) "Devlet" adlı eseri; devleti ancak filozofların yönetebileceğini yazmaktadır. Peki Osmanlı'nın yükselmeye başladığı o yıllarda devleti yönetecek filozoflar nasıl yetiştirilecekti? Saray Okulu vardı ancak bu okula gelecek öğrencilerin ilk ve orta öğrenimleri nerede verilecekti? İşte bu düşüncelerin neticesinde, II. Bayezıd, babası Fatih'in idealindeki okulu "Galata Sarayı Ocağı" adıyla kurarak Osmanlı Saray eğitiminin önemli bir parçasını oluşturmuş oluyordu.
1675 yılına gelindiğinde ise, ocaktaki içoğlanlardan yeteneklileri saraya alınırken diğerleri süvari bölüklerine dağıtılır ve kurum on yıllığına tasfiye edilir. 1715 yılında yeniden açılan ocak, tekrar acemioğlanların eğitimini üstlenir.
1820 yılına dek Osmanlı'nın en önemli kurumlarından biri olan Galata Sarayı Medresesi bu yıldan sonra Tıbbiye ve Askeri Kışla olarak kullanılır.
Sonraki yıllarda gün geçtikçe önemi ve işlevi artan kurum, Osmanlı'da Batılılaşma döneminin ve Tanzimat uygulamalarının bir sembolü olur. Çünkü bu kez de Osmanlı'da hukuksal, siyasal, ve sosyal alanda gerçekleştirilecek yenilikleri yaşama geçirecek aydın kadrolara ve bu kadroların yetiştirilmesi için, geleneksel eğitimin dışında batılı programları da bünyesinde barındıran bir eğitim kurumunua ihtiyaç vardır. Bu amaç doğrultusunda 1 Eylül 1868'de sultan Abdülaziz 'in katıldığı bir törenle Mekteb-I Sultani adıyla kurum yeniden faaliyete geçer. Dönemin Paris Büyükelçisi Cemil Paşa ile Hariciye Nazırı Fuad Paşa 'nın çabalarıyla kurum Fransa'daki lise eğitimine denk ve aynı kalitede öğrenci yetiştirir. Ve bu öğrencilerin arasında katolik, ortodoks ve musevi öğrenciler de vardır. 9 - 12 yaşlarında, öğretime başlayabilen bu öğrenciler dil durumlarına göre fransızca ya da türkçe hazırlık okumaktadırlar. 1908 yılında müdür Tevfik Fikret Bey 'in yaptığı yeniliklerle; ilk, orta ve lise için 3'er yıllık program hazırlanarak eğitim süresini 9 yıla çıkar. Ayrıca Farsça, Arapça, İtalyanca, Latince, Rumca, Ermenice ve Almanca dersleri isteğe bağlı olarak seçmeli ders statüsüne getirilirken, piyano ve keman dersleri de programa dahil edilir. 1924 yılında kurum, Galatasaray Lisesi adıyla ve Cumhuriyet devrimlerine uygun olarak eğitime başlar.
